Galileo ante el Santo Oficio

Galileo, de retorno a Florencia, es inatacable desde el punto de vista astronómico. Sus adversarios van entonces a criticar su teoría de los cuerpos flotantes. Galileo pretende que el hielo flota porque es más ligero que el agua, mientras que los aristotélicos piensan que flota porque es de su naturaleza el flotar.
El ataque tendrá lugar durante un almuerzo en la mesa de Cosme II en el mes de septiembre de 1611.
Galileo se opone a los profesores de Pisa y en especial al mismo Delle Combe, durante lo que se denomina la
«batalla de los cuerpos flotantes». Galileo sale victorioso del intercambio. Varios meses más tarde, sacará una obra en la que se presentará su teoría. Además de estos asuntos, Galileo continúa con sus investigaciones. Su sistema de determinación de longitudes es propuesto en España por el embajador de Toscana.
En 1612, emprende una discusión con Apelles sobre el tema de las manchas solares. Apelles defiende la incorruptibilidad del Sol argumentando que las manchas son en realidad conjuntos de estrellas entre el Sol y la Tierra. Galileo demuestra que las manchas están sobre la superficie misma del Sol, o tan próximas que no se puede medir su altitud. La Academia de los Linces publicará esta correspondencia el 22 de marzo de 1613 con el título de 'Iistoria e dimostrazioni intorno alle marchie solari e loro accidenti. Scheiner terminará por adherirse a la tesis galileana.
El 2 de noviembre de 1612, las querellas reaparecen. El dominico Niccolo Lorini, pronuncia un sermón resueltamente opuesto a la teoría de la rotación de la Tierra. Sermón sin consecuencias particulares, pero que marca los comienzos de los ataques religiosos. Los opositores utilizan el pasaje bíblico en el Libro de Josué, en el cual Josué detiene el movimiento del Sol y de la Luna, como arma teológica contra Galileo.
En diciembre de 1613, el profesor Benedetto Castelli, uno de sus colegas en Pisa, es encargado por l a duquesa Cristina de Lorena de probar la ortodoxia de la doctrina copernicana. Galileo vendrá en ayuda de su discípulo escribiéndole una carta el 21 de diciembre de 1613  sobre la relación entre ciencia y religión. La gran duquesa se tranquiliza, pero la controversia no se debilita. Galileo mientras tanto continúa con sus trabajos. Del 12 al 15 de noviembre, recibe a Jean Tarde, a quien presenta su microscopio y sus trabajos de astronomía.
El 20 de diciembre, el padre Caccini ataca muy violentamente a Galileo en la iglesia Santa Maria Novella. El 6 de enero un copernicano, el carmelita Paolo Foscarini, publica una carta tratando positivamente la opinión de los pitagóricos y de Copérnico sobre la movilidad de la Tierra. Él percibe el sistema copernicano como una realidad física. La controversia toma una amplitud tal que el cardenal Belarmino debe intervenir el 12 de abril. Éste escribe una carta a Foscarini donde condena sin equívocos la tesis heliocéntrica en ausencia de refutación concluyente del sistema geocéntrico. Como reacción, Galileo escribe a Cristina de Lorena una carta extensa en la cual desarrolla admirablemente sus argumentos en favor de la ortodoxia del sistema copernicano. Esta carta es, también, muy difundida, es una pieza esencial del dossier. Ahí se ven los pasajes de las escrituras que poseen problemas desde un punto de vista cosmológico. A pesar de ello, Galileo es obligado a presentarse en Roma para defenderse contra las calumnias y sobre todo para tratar de evitar una prohibición de la doctrina copernicana,.pero le falta la prueba irrefutable de la rotación de la Tierra para apoyar sus requerimientos. Su intervención llega demasiado tarde:
Lorini, por carta de denuncia, ya había avisado a Roma de la llegada de Galileo y el Santo Oficio ya había comenzado la instrucción del caso.
En 1614, conoce a Juan Bautista Baliani, que será su amigo y correspondiente durante largos años.

El 8 de febrero de 1616, Galileo envía su teoría de las mareas  al cardenal Orsini. Esta teoría pretendía demostrar que el movimiento de la Tierra producía las mareas, mientras que los astrónomos jesuitas ya postulaban con acierto que las mareas eran producidas por la atracción de la Luna.